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Super Computing center

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2014 SCENT 주요 컴퓨팅 자원(Since 2007

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시정소식 목록 - 하드웨어, KIGI(참여교수: 장윤희), GIST SCENT(참여교수: 정영주), GIST SCENT(참여교수: 전문구), GIST SCENT(참여교수: 이현주), GIST SCENT(참여교수: 송계휴), GIST SCENT(참여교수: 임혁)
하드웨어 KIGI
(참여교수: 장윤희)
GIST SCENT
(참여교수: 정영주)
GIST SCENT
(참여교수: 전문구)
GIST SCENT
(참여교수: 이현주)
GIST SCENT
(참여교수: 송계휴)
GIST SCENT
(참여교수: 임혁)
노드 IBM eServer Intel
Xeon 128노드
Intel P4 76노드 20노드 IBM BladeCenter
H, 2900W 5노드
IBM x3850 3노드 Intel Xeon 16노드
프로세서 Intel Dual-Core
Xeon 2.8GHz
(256 CPUs)
Intel P4(D)
3.0GHz (30CPUs)
Intel P4 3.0GHz (30CPUs)
Intel P4 2.4GHz
(16CPUs)
Intel Xeon
3.0GHz (Total:
22CPUs)
Quad-Core Xeon
(X5365) 3.0GHz
Intel Xeon X7350
2.93GHz (Total:
10CPUs)
Intel Xeon
(X7350)
2.93GHz
(4 Quad-Core: 16CPUs)
메모리 2GB/노드*128 I4GB/노드*30
2GB/노드*30
1GB/노드*16
2GB, 1GB/노드
(22GB)
48GB 68GB 32GB (8*4GB)
디스크 5TB 36GB*60
(2.16TB)
80GB*16
(1.28TB)
3TB 3TB 146GB*6 300GB*5 (1.5TB)
테이프 - - - - -
Interconnection 네트워크 Myrinet 100MbE/1GbE GbE GbE GbE GbE
운영체제 CentOS 5.3 Debian
GNU/Linux Etch
4.0r3
Linux Fedora
Core 4
Linux Redhat Open SuSE 10.3 OpenSUSE 11.1
(x86_64)
병렬 파일 시스템 GPFS PVFS2 NFS - - -
작업 스케줄러 Loadleveler Torque - - - -
병렬 라이브러리 MPICH-GM MPICH MPICH - MPICH -
컴파일러 Intel GCC, PGI GNU GNU/Intel GNU/Intel GNU 컴파일러
클러스터 관리 diskless, FAI MIT HPCS Cluster
Management tool
- - -
수학라이브러리 FFTW FFTW, BLACS,
ScaLAPACK, GSL,
LAPACK
MATLAB, SNOPT - LAPACK, BLAS for Intel compilers MATLAB
응용프로그램 VASP 4.6
LAMMPS
F/OSS MATLAB - - MATLAB
통합 모니터링 Nagios Ganglia - - - -
계정 관리 NIS - - - -
보안 환경 방화벽, SSH 방화벽, SSH 방화벽, SSH - - 방화벽, SSH
백본 네트워크 성능 - 백본 10Gbps, 인터넷 2Gbps - - -
시스템 운영 인력 1명 2명 2명 1명 1명 1명
특이 사항 슈퍼컴 기증
PLSI 참여
16대, 60대의 독립
클러스터 운영
- - 4U System 두개 반으로 구성됨 (현재 두개만 운용중) -

[광주과학기술원 SCENT 센터 컴퓨팅 자원 현황 (2011.12.22 수정)]

KIGI

GIST는 KISTI와 '과학기술정보 공유 및 슈퍼컴퓨팅 자원 공동활용과 활성화'라는 MOU를 체결하고, KISTI로부터 기증받은 128노드 리눅스 클러스터 시스템 KIGI를 PLSI 국가연동체계에 제공하여, 2009년 8월에 서비스를 시작하였다. 그후, KIGI를 '계산화학' 또는 'materials simulation'쪽으로 특화하기로 기본 방침을 정하고, 이 분야에서 주로 사용되는 소프트웨어 리스트를 선정하여, 그 중 일부를 KISTI 측의 도움으로 KIGI 및 기타 적절한 PLSI 시스템에 설치하였다.

현재까지 PLSI 시스템에 설치된 소프트웨어 (아래 표), 이 중 VASP, gaussian, GAMESS(양자역학), LAMMPS, NAMD(분자동력학) 등이 재료 모사용 소프트웨어이다. 2010년에는 분자동력학 소프트웨어인 LAMMPS, NAMD를 KISTI 측의 도움으로 KIGI 시스템에 설치하였다. 최근 KIDTI 에서 MATLAM 2010b가 확보되어 현재는 GIST에서 KISTI의 라이선스 서버로 접속 테스트 중이며, 이것이 완료되면 PLSI 시스템을 이용한 Neuro Computing의 활성화에 기여할 것으로 보인다. 그 외에 전산분야와 관련된 JAVA, R-language 등이 추가로 확보된 상태이다.

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Unified meeting space

PLSI 거점센터 활동을 통하여 슈퍼컴퓨팅/초고속연구망/협업환경이 융화된 미래형 Cyber 인프라의 협업환경 모델을 지속적으로 정립하고 이에 근거하여 슈퍼컴퓨팅 사용자들이 협력하여 연구개발을 진행할 수 있는 협업환경을 구축하도록 유도하여 슈퍼컴퓨팅 활용의 최적화 및 연구생산성 향상에 기여하고자 한다. 이를 위하여 (그림: Unified Meeting Space 개념도)와 같은 네트워크 타일드 디스플레이를 중심으로 자연스럽게 협업이 가능한 협업환경 노드들을 구축하고, 이를 중심으로 다자간의 기술 논의 및 원격 실험이 마치 한 장소에서 이뤄지는 것과 같은 협력이 가능하도록 지원하는 인프라 모델을 정립하고자 한다. 정립된 네트워크 기반 초고해상도 가시화를 활용하는 협업환경 인프라 구축 모델에 대한 실증적인 검증을 위하여 센터 내의 슈퍼컴퓨팅 활용 및 관련 교육 활동에 협업환경을 적용하여 이의 실용성을 개선하도록 한다.

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